パソコン内部の増設や取り外しの際は、主電源をOFFにしてから行ったほうがいいのでしょうか。

シャットダウンだけでは内部に5Vsbの電流が流れていますので、ショートや誤作動や破損を招くおそれがあります。
必ず主電源をOFFにして内部の作業を行ってください。

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FAQ15-F-A-0016