USB3.0ポートのみしか認識しません。（カードリーダー部分しか認識しません。）

下記の手順をお試し下さい。

① 内蔵用USB3.0 19pinはUSB2.0と比べてコネクタ端子が細いため、接続の際にコネクタ端子を曲げてしまう場合があります。
一度コネクタから取り外して、19pinコネクタに損傷がないかご確認下さい。また挿し込み前に端子に曲がりがないかご確認下さい。

② コネクタ端子に異常がない場合、フロントI/F端子など、他の内蔵USB3.0端子を接続し、接続したUSB機器が問題なく認識できるかご確認下さい。

②で正常に他の機器が認識できる場合、弊社製品の不具合が想定されます。また、デバイスマネージャ上で「！」マークや「不明なデバイス」として認識されている場合、マザーボードやOS側の不具合の可能性も想定されます。