ファンコントローラーを使用したら、回転数と共に明るさも落ちました。

ファンコントローラーのファンの回転数制御方法にはPWM制御と電圧制御がございます。
電圧制御の場合、電圧を落とすことによって回転数を落とすので、LED付きファン(山洋製及びOWLTECH製)ではLEDへ供給している電圧も合わせて落ちますので明るさも低下します。
PCCOOLER製の製品はファンの電源とLEDの電源が分かれているので、ファンコントローラーによる明るさの低下はありません。